La Fundación CIEN gestiona desde el 18 de enero de 2006 la investigación del Centro Alzheimer Fundación Reina Sofía mediante la firma de un convenio, por el que la Fundación Reina Sofía cedía a la Fundación CIEN dicha gestión. La Fundación Reina Sofía fue la promotora de un proyecto más amplio como es el Complejo Alzheimer ubicado en Vallecas y que consta de una Residencia para enfermos de Alzheimer y enfermedades relacionadas, un Centro de Día y una unidad docente, además de la propia unidad de investigación.
Actualmente están en funcionamiento cuatro departamentos de investigación fundamentales en la Fundación CIEN:
La Fundación CIEN dispone de 1.500 metros cuadrados útiles y de un equipamiento valorado en tres millones de euros, del que dos terceras partes son del departamento de Neuroimagen que consta de una RM de 3T y sus accesorios. En la planta sótano se encuentran los departamentos de Neuroimagen, Neuropatología y el Velatorio, así como dependencias comunes. En la planta baja está ubicada la Gerencia de la Fundación CIEN así como la Dirección Científica y despachos para Administración. En la planta primera y segunda están ubicados distintos despachos para exploraciones y usos varios de investigación, principalmente para el departamento Clínico. En la planta tercera está ubicado el Laboratorio de Biología y genética Molecular, distribuido en cinco dependencias.
